27-05-2020 por Mirai
El virus SARS-CoV-2 responsable de la pandemia de Covid-19 es objeto de numerosos análisis genéticos en todo el mundo para comprender su origen y evolución. Si bien el número de artículos científicos sobre este virus continúa aumentando, todavía hay muchas áreas grises en cuanto al origen de este virus.
En diciembre de 2019, 27 de las primeras 41 personas hospitalizadas (66%) pasaron por un mercado ubicado en el corazón de la ciudad de Wuhan, en la provincia de Hubei. Pero el origen de la epidemia probablemente no esté relacionado con el contacto con animales vivos o muertos presentes en este mercado, porque parece, según un estudio chino realizado en el hospital de Wuhan, que el primer caso humano identificado no visitó este mercado.
De acuerdo con esta hipótesis, las fechas moleculares estimadas a partir de las secuencias genómicas de SARS-CoV-2 indican un origen en noviembre. Por lo tanto, tenemos derecho a preguntarnos sobre el vínculo entre esta epidemia de Covid-19 y la vida silvestre.
Lo que sabemos gracias a los datos genómicos del Betacoronavirus
El genoma del SARS-CoV-2 fue secuenciado rápidamente por investigadores chinos. Es una molécula de ARN de aproximadamente 30,000 bases que contiene 15 genes, incluido el gen S que codifica una proteína ubicada en la superficie de la envoltura viral (en comparación, nuestro genoma está en forma de una doble hélice de ADN con un tamaño de alrededor de 3 mil millones de bases y contiene casi 30,000 genes).
Los análisis genómicos comparativos han demostrado que el SARS-CoV-2 pertenece al grupo de Betacoronavirus y que está muy cerca del SARS-CoV, responsable de una epidemia de neumonía aguda que apareció en noviembre de 2002 en la provincia china de Guangdong, que luego se extendió a 29 países, especialmente en Francia en 2003.
Se registraron un total de 8098 casos, incluidas 774 muertes. Se sabe que los murciélagos del género Rhinolophus (potencialmente varias especies de cuevas) fueron el reservorio de este virus y que un pequeño carnívoro, la civeta de la palma (Paguma larvata), podría haber servido como huésped intermedio entre los murciélagos y Los primeros casos humanos.
Desde entonces, se han descubierto muchos Betacoronavirus, principalmente en murciélagos, pero también en humanos. Por lo tanto, el virus RaTG13, aislado de un murciélago de la especie Rhinolophus affinis recolectada en la provincia china de Yunan, se ha descrito recientemente como muy cercano al SARS-CoV-2, las secuencias de su genoma es 96% idéntico. Estos resultados indican que los murciélagos, y en particular las especies del género Rhinolophus, constituyen el reservorio de los virus SARS-CoV y SARS-CoV-2.
¿Pero cómo se define un tanque? Es una o más especies animales poco o no sensibles al virus, que naturalmente albergará uno o más virus. La ausencia de síntomas de la enfermedad se explica por la eficiencia de su sistema inmune que les permite luchar contra la proliferación viral en exceso.
Mecanismo de recombinación
El 7 de febrero de 2020, supimos que se había descubierto un virus aún más cercano al SARS-CoV-2 en el pangolín. Con el 99% de identidad anunciada, esto lo convirtió en un reservorio más probable que los murciélagos. Sin embargo, un estudio más reciente, actualmente bajo investigación, sugiere una situación mucho más compleja. Finalmente, el genoma del coronavirus aislado del pangolín de Malasia (Manis javanica) generalmente no está tan cerca del SARS-Cov-2, con solo el 90% de identidad. Por lo tanto, no es responsable de la epidemia actual.
Dicho esto, el virus aislado del pangolín tiene una identidad del 99% con el SARS-Cov-2 si comparamos los 74 aminoácidos de una región particular de proteína S, el dominio de unión al receptor ACE2 ( Enzima convertidora de angiotensina 2) que permite que el virus ingrese a las células humanas para infectarlas. En la misma región, el virus RaTG13 aislado del murciélago R. affinis es muy divergente (77%).
Para simplificar, esto significa que el coronavirus aislado en el pangolín puede entrar en las células humanas, mientras que el aislado en el murciélago R. affinis no. Además, esto sugiere que el virus SARS-Cov-2 es el resultado de una recombinación entre dos virus diferentes, uno cercano a RaTG13 y el otro más cercano al de pangolín. En otras palabras, es una quimera entre dos virus preexistentes.
Este mecanismo de recombinación ya se había descrito en coronavirus, en particular para explicar el origen del SARS-Cov. Es importante saber que la recombinación da como resultado un nuevo virus potencialmente capaz de infectar una nueva especie huésped. Para que ocurra la recombinación, los dos virus divergentes deben haber infectado el mismo organismo concomitantemente.
Quedan dos preguntas sin respuesta: ¿en qué organismo tuvo lugar esta recombinación? (¿un murciélago, un pangolín u otra especie?) Y, sobre todo, ¿en qué condiciones tuvo lugar esta recombinación?
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